KEGG富集分析结果,应该看p值还是矫正p值呢? - 知乎 名人名言佳句


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  • 保姆级KEGG数据库教程!医学人如何入门KEGG?信号通路分析必学功能有哪些?不需要掌握的有哪些?
    1 KEGG PATHWAY 这部分应该就是大家最熟悉的啦,也是KEGG数据库最核心的部分。 它包含了与通路相关的各种信息,我们解螺旋也有相关课程教大家使用,在此就不赘述。 2 KEGG BRITE 这部分是一个手动创建的分层文本文件的集合,捕获各种生物对象的功能层次结构。
  • KEGG 怎么用? - 知乎
    9 KEGG NETWORK 这部分和上面的KEGG DISEASE比较像,它是KEGG尝试从扰乱的分子网络中获取有关疾病和药物的信息。 这部分主要包含了癌症、内分泌和代谢性疾病、病毒和细菌感染三部分内容。 10 KEGG DRUG 这部分包含的药物为在日本和美国上市的药物。
  • 为啥目标基因在kegg富集分析时,没有kegg pathway通路,只有kegg brite中的一个?
    在进行KEGG富集分析时,如果发现目标基因只富集到了KEGG BRITE分类而不是经典的KEGG pathway,这可能意味着以下几种情况: 1 数据特异性: 你的基因集可能富含一些较为新颖或特定生物学功能的基因,这些功能可能还未被详细归纳到传统的KEGG pathway中,而是更多体现在KEGG BRITE分类里。KEGG BRITE是一个
  • GO和KEGG分析怎么筛选自己想要的基因啊? - 知乎
    GO和KEGG分析怎么筛选自己想要的基因啊? 做了干旱胁迫转录组,做了差异基因GO和KEGG分析,我应该怎么筛选和干旱有关的词条啊? 一般显著的p值低于多少啊,我做的分析里面没有标注显著。 go词条… 显示全部 关注者 77
  • 请问KEGG特异性通路图怎么看? - 知乎
    请问KEGG特异性通路图怎么看? 刚入行小白提问,一个物种的KEGG特异性通路图,基因标注有白框的和绿框的。 绿框的是一定存在的基因吗? 白框的是一定不存在的基因吗? 这里面有什么门道吗? 显示全部 关注者 4 被浏览
  • KEGG富集分析结果,应该看p值还是矫正p值呢? - 知乎
    KEGG富集分析结果,应该看p值还是矫正p值呢? 生信小白,临床大夫,请多包涵~KEGG的结果,大部分p值<0 05,但是矫正p值都>0 05,这样KEGG富集的结果还有意义吗? p值和富集的基因数目以… 显示全部 关注者 13 被浏览
  • 请问如何检索kegg数据库? - 知乎
    1、什么是KEGG? KEGG,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因和基因组百科全书,是系统分析基因功能,联系基因组信息和功能信息的知识库。KEGG是一个综合数据库,它们大致分为系统信息、基因组信息、化学信息和健康信息四大类。KEGG PATHWAY是最核心的数据库之一。
  • kegg气泡图能看出通路是上调还是下调吗? - 知乎
    如题 一般来说,KEGG气泡图本身并不直接显示基因表达水平的变化方向(上调或下调),但它可以帮助你识别出哪些通路可能与你的研究问题相关,并进一步进行深入分析。 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)气泡图通常用于展示基因在不同通路中的富集情况。通过观察气泡的颜色和大小,可以
  • 请问如何检索kegg数据库? - 知乎
    Para_04 KEGG数据库内部存储为Oracle关系数据库。 对于外部服务,生成了平面文件以便由DBGET系统处理(4),该系统已被用作KEGG中的基本检索系统。 然而,目前其搜索功能正在被SQLite接口取代,DBGET主要被用于通过KEGG标识符检索和查看数据。
  • 单细胞测序中GO、KEGG、GSEA 分析三个高级分析有什么区别?
    KEGG分析 原理:KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是一个综合的数据库,包含基因、蛋白质、代谢通路等信息。KEGG富集分析通过比对基因与KEGG数据库中的通路,确定哪些通路有显著的基因富集,侧重于代谢通路的研究。 意义: 理解细胞代谢状态:帮助了解细胞在不同条件下的代谢活动和状态


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